Την ιδέα να κληθεί ο Καποδίστριας ως κυβερνήτης της Ελλάδας την είχε διατυπώσει πρώτος ο Αλέξανδρος Μαυροκορδάτος στην από 27-10-1821 επιστολή του προς τον Δημήτριο Υψηλάντη. Τελικά, στις 30 Μαρτίου 1827, στη Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας, εκλέχθηκε Κυβερνήτης της Ελλάδας με θητεία επτά ετών. Σύμφωνα με τις αποφάσεις της συνέλευσης, ο Κυβερνήτης θα δεσμευόταν από το Σύνταγμα της Επιδαύρου, έτσι όπως θα αναθεωρείτο από τη Συνέλευση.
Ο Καποδίστριας απέπλευσε από τη Μάλτα για την Ελλάδα στις 14 Ιανουαρίου 1827, με βρετανικό πολεμικό πλοίο, με συνοδεία δύο ακόμη πολεμικών πλοίων, ενός γαλλικού κι ενός ρωσικού. Αυτή η ιδιότυπη ενέργεια των Άγγλων απέναντι στον κυβερνήτη της Ελλάδας, σκοπό είχε να καταστήσει σαφές ότι η Αγγλία δεν θα δεχόταν καμία προσπάθεια του Καποδίστρια για επέκταση των συνόρων του νεοπαγούς κράτους και θα έπρεπε να αρκεστεί σε αυτά που καθόριζε η Συνθήκη της 6ης Ιουλίου, δηλαδή αυτονομία και όχι ανεξαρτησία και σύνορα που καθόριζε η γραμμή Αχελώου-Μαλιακού, καθώς και να αποστασιοποιηθεί ("αποστειρωθεί") από την εξωτερική πολιτική της Ρωσίας ως πρώην υπουργός εξωτερικών αυτής.
Στις 18 Ιανουαρίου 1828, δέκα
μήνες μετά την απόφαση της Γ' Εθνοσυνέλευσης της Τροιζήνας, έφτασε στο Ναύπλιο, όπου έτυχε ενθουσιώδους υποδοχής και τέσσερις
μέρες αργότερα στην Αίγινα, πρώτη πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους.
Αποφασίστηκε το Ναύπλιο να ξαναγίνει πρωτεύουσα του ελληνικού κράτους και έδρα της κυβέρνησης. Τη
στιγμή της άφιξής του Καποδίστρια, σχεδόν όλη η Πελοπόννησος και η Στερεά
Ελλάδα είχε ξαναπέσει στα χέρια των Οθωμανών και των Αιγυπτίων, ενώ μεταξύ των
Ελλήνων συνεχίζονταν οι εμφύλιες διαμάχες.
Στο εσωτερικό της χώρας, με
τον ερχομό του, ο Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει τα εχθρικά στρατεύματα,
την πειρατεία, τους ανύπαρκτους θεσμούς, τη διάλυση του στρατού, τις
εμφύλιες διαμάχες, καθώς και την κακή οικονομική κατάσταση της χώρας.
Θεσμικές και διοικητικές μεταρρυθμίσεις:
Μια από τις βασικές
προϋποθέσεις που έθεσε για να αναλάβει την ηγεσία του νεοσύστατου ελληνικού
κράτους, ήταν η αναστολή του Συντάγματος και η διάλυση της Βουλής, όροι που
τελικώς έγιναν αποδεκτοί. Στη θέση της Βουλής δημιούργησε το «Πανελλήνιον», γνωμοδοτικό όργανο αποτελούμενο από 27 μέλη με
συμβουλευτικό χαρακτήρα, ενώ τη διακυβέρνηση ανέλαβε η Κεντρική Γραμματεία, ένα είδος υπουργικού συμβουλίου διοικούμενο
από τον ίδιο. Επίσης, χώρισε τη χώρα σε διοικητικές
περιφέρειες. Ιδιαίτερη μέριμνα επέδειξε και για τη δημιουργία δικαστηρίων
θεσπίζοντας και κώδικα πολιτικής
δικονομίας, υιοθετώντας προσωρινά την βυζαντινή «Εξάβιβλο» .
Στο πρόβλημα της διανομής της εθνικής γης ο Καποδίστριας
δεν κατάφερε να βρει λύση κι έτσι εκατομμύρια στρέμματα παρέμειναν στους κοτζαμπάσηδες και την Εκκλησία.
Μερίμνησε επίσης για τον επανασχεδιασμό και την ανοικοδόμηση των
κατεστραμμένων ελληνικών πόλεων, όπως το Ναύπλιο, το Άργος,
το Μεσολόγγι και η Πάτρα.
Δημιουργία τακτικού στρατού
Πρώτη του μέριμνα ήταν η καταστολή της πειρατείας, έργο το οποίο
ανέλαβε με επιτυχία ο Ανδρέας Μιαούλης. Παράλληλα, προχώρησε στην αναδιοργάνωση των
Ενόπλων Δυνάμεων, μετατρέποντας βαθμιαία τα άτακτα στρατεύματα σε τακτικό
στρατό, και υπάγοντας τον στόλο στην ουσιαστική δικαιοδοσία της Κυβέρνησης,
δεδομένου ότι μέχρι τότε τα πλοία ήταν ιδιοκτησία των καραβοκύρηδων. Με αυτόν
τον τρόπο προσπάθησε να προστατέψει τα σύνορα και να μειώσει την επιρροή των
μέχρι τότε τοπαρχών («μίαν ευχήν
διαβιβάζουσί μοι αι επαρχίαι, την διά παντός απαλλαγήν αυτών από της τυραννίας
των προυχόντων και των οπλαρχηγών»). Στην προσπάθεια αναδιοργάνωσης
του στρατού περιλαμβάνεται και η ίδρυση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων.
Εκπαιδευτική μεταρρύθμιση
Όσον αφορά στην εκπαίδευση, ίδρυσε
νέα σχολεία και εκκλησιαστική σχολή
στον Πόρο,
καθώς και Ορφανοτροφείο στην Αίγινας, σε μια προσπάθεια να οργανώσει το σχεδόν ανύπαρκτο
εκπαιδευτικό σύστημα.
Τον Οκτώβριο του 1829 ίδρυσε
το πρώτο αρχαιολογικό μουσείο στην Αίγινα.
Οικονομική πολιτική
Σημαντική ήταν και η συμβολή
του στο εμπόριο με την παραχώρηση
δανείων στους νησιώτες για την αγορά πλοίων και την κατασκευή ναυπηγείων
στον Πόρο και
το Ναύπλιο.
Ίδρυσε Εθνικό Νομισματοκοπείο και καθιέρωσε τον «φοίνικα» ως εθνικό
νόμισμα, αντικαθιστώντας το τουρκικό γρόσι.
Επέδειξε ιδιαίτερο ενδιαφέρον για τη γεωργία, βασική
πηγή πλούτου της Ελλάδας. Ίδρυσε τη Γεωργική Σχολή της Τίρυνθας και ενθάρρυνε την
καλλιέργεια της πατάτας.
Σε μια
προσπάθεια ενίσχυσης της ελληνικής οικονομίας, ίδρυσε την Εθνική Χρηματιστική Τράπεζα, η οποία όμως απέτυχε εξαιτίας εσωτερικών
αντιδράσεων.
Επίσης επιχείρησε να συνάψει δάνειο με τράπεζες του εξωτερικού, προσπάθεια που δεν ευοδώθηκε λόγω των αντιδράσεων της Μεγάλης Βρετανίας. Παρόλα αυτά η Ρωσία και η Γαλλία ανέλαβαν να ενισχύσουν οικονομικά την Ελλάδα, ενώ ιδιαίτερη φροντίδα επέδειξε ο Τσάρος, αποστέλλοντας 3.750.000 γαλλικά φράγκα.
Ως κυβερνήτης αρνήθηκε να δεχθεί μισθό, ενώ διέθεσε
όλη του την προσωπική και οικογενειακή περιουσία για τους σκοπούς του κράτους.
Ο εσωτερικός πόλεμος και η δολοφονία του
Ο Καποδίστριας αρχικά είχε
δεσμευθεί για τη διενέργεια εκλογών τον Απρίλιο του 1828, στη συνέχεια όμως
προχώρησε στην αναβολή τους, λόγω της χαώδους κατάστασης που επικρατούσε στο
εσωτερικό. Όταν αυτές διεξήχθησαν, διατυπώθηκαν βάσιμες κατηγορίες για νοθεία.
Αν και κυβερνήτης, ο Καποδίστριας εξελέγη σε 36 περιφέρειες, γεγονός που προκάλεσε
την οργή των συνεργατών του, ένας εκ των οποίων, ο Σπυρίδων Τρικούπης, παραιτήθηκε από πληρεξούσιος και αναχώρησε για
την Ύδρα.
Πέραν των
πιεστικότατων οικονομικών, κοινωνικών και διπλωματικών προβλημάτων, ο
Καποδίστριας είχε να αντιμετωπίσει δύο σημαντικά εμπόδια στην πολιτική του για
την οικοδόμηση του νεοπαγούς ελλαδικού κράτους: πρώτον την εχθρότητα της
Γαλλίας (μετά το 1830) και της Αγγλίας, και κυριότερο , τα τοπικιστικά,
οικονομικά και πολιτικά συμφέροντα της καθεστηκυίας τάξης που ήταν εγκαθιδρυμένη
στην Ελλάδα επί τουρκοκρατίας,ήτοι των κοτζαμπάσηδων, των Φαναριωτών και πλοιοκτητών, οι οποίοι και
επεδίωκαν διατήρηση των προνομίων τους και τη συμμετοχή τους στη νομή της
εξουσίας. Η κατάσταση αυτή προετοίμασε το έδαφος και οδήγησε στην πολιτική
εξόντωση και τελικά στη δολοφονία του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας.
Στις 9 Οκτωβρίου 1831, έξω από την εκκλησία
του Αγίου Σπυρίδωνος, ο Κωνσταντίνος Μαυρομιχάλης πυροβόλησε και μαχαίρωσε
θανάσιμα τον κυβερνήτη, καθώς πήγαινε να παρακολουθήσει την κυριακάτικη θεία
λειτουργία. Ο μονόχειρας σωματοφύλακάς του Γεώργιος Κοζώνης, πυροβόλησε τον Κωνσταντίνο Μαυρομιχάλη
τον οποίον αποτελείωσε το συγκεντρωμένο πλήθος, το δε πτώμα του πετάχτηκε στο λιμάνι. Ο
ετοιμοθάνατος κυβερνήτης μεταφέρθηκε από τον κόσμο σε παρακείμενο φαρμακείο,
όπου εξέπνευσε.
Οι λεπτομέρειες
και το παρασκήνιο για την δολοφονία του Καποδίστρια δεν είναι ακόμα γνωστές,
καθώς ο σχετικός φάκελος παρέμενε απόρρητος στα αρχεία του βρετανικού
Υπουργείου Εξωτερικών, τουλάχιστον έως το Σεπτέμβριο του 2014…